Originalmente previsto para ser o próximo jogo da 3D Realms, depois de "Rise of the Triad" e "Duke Nukem 3D", "Prey" era um projeto ambicioso para seu tempo. Usando tecnologia de portais e uma trama densa, o jogo acabou sendo cancelado depois de problemas na equipe. Agora, com o poder da tecnologia de "Doom 3", a produtora recrutou a Human Head para recriar o projeto.
"Prey" conta a história de Tommy, um descendente de nativos norte-americanos e ex-militar que está voltando para uma reserva indígena da tribo Cherokee. Ele está retornando para os braços de sua amada, que segundo o criador do game é seu único laço de sua tradição. Claro, o jogo só pode acontecer com um desastre, e nesse caso isso se dá na forma de diversas abduções alienígenas.
Sem muitas pistas, o jogo começa como uma luta pela sobrevivência, mas a trama se desenrola no decorrer do game e promete ser uma das mais densas do gênero. Tommy é transportado para um ser vivo gigante, habitado por diversos monstros nada simpáticos e felizmente uma grande variedade de armas de fogo o ajudará a se manter vivo.
Como no design original, os portais serão um elemento importante da experiência: buracos que não apenas transportam o jogador de um lugar para outro, mas que literalmente servem de portas que "dobram" o espaço e criam situações únicas (como a capacidade de se matar acidentalmente atirando nas suas próprias costas).